古树普洱茶茶叶中茶多酚、氨基酸、咖啡碱是形成茶叶内质主要理化成分之一。不同茶树品种茶多酚、氨基酸、咖啡碱含量不同。
茶多酚含量：大叶>中叶>小叶。氨基酸含量：中叶>小叶>大叶。咖啡碱含量：大叶>小叶>中叶。
这些成分与品种的关系对茶类的加工有指导意义。古树普洱茶加工过程中茶多酚含量随着加工进程降低。茶树品种中内含基质茶多酚、氨基酸、咖啡碱等重要化合物含量越高，越有利于优质普洱茶品质的形成，且以芽叶外观芽体肥壮、多茸毛者为上品。而各种不同的内含导致不同的滋味：
鲜爽：氨基酸性味鲜而带甜，与咖啡碱形成的络合物是构成茶汤滋味鲜爽的主要物质。咖啡碱其性味苦，参与茶叶品质的形成，且与茶黄素结合形成络合物提高茶汤鲜爽度，是构成茶汤滋味的重要物质，赋予茶汤“醇”及新鲜口感。
回甘：可溶性糖是构成普洱茶茶汤滋味和黏稠度的重要物质，同时也是表现在感官上的所谓“甘”。
苦涩：茶多酚性味苦涩，其氧化物是构成茶汤滋味鲜爽的主要物质。
古树普洱茶表现出的陈香、醇、甘、滑等品质特点与微生物固态发酵过程中的优势菌种是分不开的。微生物固态发酵过程在微生物分泌的胞外酶(多酚氧化酶、抗坏血酸酶、过氧化氢酶等)酶促作用，微生物呼吸代谢产生的热量和茶叶本身湿热作用的协同下，发生茶多酚氧化、缩合蛋白质的分解、降解，碳水化合物的分解以及产物之间的聚合等一系列复杂的化学反应，使得大分子碳水化合物被分解成小分子的糖及可溶性糖。
