普洱熟茶中的色素主要有叶绿素、类胡萝卜素和茶黄素等物质,它们在普洱熟茶初制中发生了一系列变化，形成了普洱熟茶品质和色泽的基础。
叶绿素a
普洱熟茶初制过程，叶绿素a在物理和化学因子作用下通过不同途径降解为脱镁叶绿素a、脱镁叶绿酸酯a和叶绿酸酯a叶绿素a在初制过程中的变化为明显，几乎全部降解。
杀青工序，前期由于叶温还未达到破坏酶活性的程度，叶绿素酶的催化作用加强，中、后期主要是热的作用，造成叶绿素a的大量分解，从鲜叶的26.87mg/100g下降到杀青叶的12.09mg/100g，下降幅度达55%。
揉捻阶段继续下降至10.73mg/100g。
渥堆工序，由于湿热作用、微生物的酶促作用以及酸、醇、酮、醛等物质的反应，变化更趋激烈。渥堆20小时，含量由揉捻叶的10.73mg/l00g下降至0.47mg/100g，下降幅度高达95.62%至渥堆结束，仅存微量。经干燥工序，叶绿素a已丧失殆尽。
初期过程由于叶绿素a的脱镁、降解，导致其降解产物的积累，具体表现在三种a型降解产物的明显增加。脱镁叶绿素a在鲜叶中的量极少，只有0.25mg/100g，但随着高温杀青过程叶绿素a的大量降解，其含量猛增至13.76mg100g，较鲜叶增加50倍以上进入渥堆工序，随着微生物的代谢活动、水热作用和渥堆环境的酸化，脱镁叶绿素a的积累在渥堆24小时左右时达最高值其含量为298mg/100g。随后，随着叶绿素a的降解殆尽，其含量呈稳中有降趋势，并在干燥工序再度减少。
干燥以后的含量为18.78mg/100g鲜叶中叶绿素酸酯a为5.24mg/100g，一经杀青，其含量急剧下降，且在渥堆中继续减少，至渥堆24小时后消失。与叶绿酸酯a相反，鲜叶中并不存在的脱镁叶绿酸酯a，此物质在渥堆初期即岀现，渥堆过程中含量渐渐上升，至渥堆结束，含量达286mgl00g，干燥后含量达到3.57mg/100g。这一方面可能是叶绿酸酯a在热和酸化条件下的部分脱镁，另一方面则可能脱镁叶绿素a在渥堆后期和烘干中，在强烈的湿热作用下部分脱叶醇基后转化而成。这从叶绿素a及其降解产物的彼此消长动态也可以看出。
