如果说乔木大叶种茶树做为云南特有植物，显示出普洱茶的地理价值的话，那么云南特有的微生物生态的多样性及分工有序性，则从另一面彰显普洱茶的地理价值。
怎么理解呢？
1微生物生态的多样性是普洱茶地理价值的重要支柱
微生物是一切肉眼看不见或看不清楚的微小生物的总称。它“出生”最早，三十五亿年前就已出现在地球上，而人类出现在地球上则只有几百万年的历史。人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界－动物界和植物界。随着人们对微生物认识的逐步深化，又发现了地球上的第三生命形式－古菌，才导致了生命三域学说的诞生。
该学说认为生命是由古菌域（Archaea）——包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域（Bacteria）——包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域（Eucarya）——包括真菌、原生生物、动物和植物。由此可见，除动物和植物以外，其它绝大多数生物都属微生物范畴。如果把地球的年龄比喻为一年的话，则微生物约在3月20日诞生，而人类约在12月31日下午7时许出现在地球上。盛易祥。
微生物不是以一个个种群单独存在，微生物种群之间往往形成了一个个的群落，与动植物种群之间以各种方式相互影响、相互作用。
在云南，由于微生物群落的数目庞大，成为地球上生物多样性最为丰富的资源。其微生物的种类仅次于昆虫，是云南大的自然生态系统中第二大类群。
当我们置身于古茶树之间，贴着泥土的潮湿，嗅着茶花的芳香，感觉到在我们的脚下、空气中、茶树上、根茎下都有上亿微生物菌群的活动，但我们仍对它们知之甚少。以原核生物为例，目前已定名的真菌约有8万种，但据估计地球上真菌的数量约为150万种，也就是说我们已经知道的真菌仅为估计数的5％。
云南微生物的多样性除物种多样性外，还包括生理类群多样性、生态类型多样性和遗传多样性。在生物进化史上，它们虽然是最先出现的，不过目前存在的微生物可能大部分不是最初的种类，而是几十亿年进化的产物。
当我们手捧一撮“肥土”，几万年前，甚至再提前，它可能是一块“岩石”，而这个“岩石”在经过物理、化学及生物等风化作用才逐渐转化为土壤，其中微生物的长期产生各种酸性代谢产物，能酸化自然水，成为重要的风化因子。岩石风化后，一部分矿物质变为可溶性物质，又为微生物提供了所需要的各种矿物元素。微生物促进腐殖质的形成与分解，改善了土壤结构，逐渐提高土壤肥力。现在土壤中存在着种类繁多的细菌、放线菌、真菌、酵母、藻类、原生动物等，几乎包括全部大类群的微生物。它们已经形成了高度有序的微生物群落。因此，微生物生态的多样性与地理、植物的多样性同样重要。它们同属于自然生态循环系统的“家族”成员，而且是非常重要的家族成员。
2微生物生态的多样性是乔木大叶种茶的“保护神”
现实生活中，我们经常遇到一个难题：为什麽植物所需的水分、无机肥在充分供应之後，植物仍旧不能茂盛地成长？为什麽根部不能完全地吸收这些养分？为什么病原菌、病虫害会孳衍繁生而不可收拾？
现代科学已能确认植物生理与微生物间不可分离的共生关系。植物根部分泌物质来供应微生物的需求，同时微生物也生产各种不同物质来回馈植物体，两者实际上乃是共生的伙伴。要使植物生长茂盛，除了水分、养分之外，还需微生物的参与。
其实，当茶树刚一诞生，不管它是一粒茶种还是被嫁接的茶树苗，在它还极其弱小的时候，微生物就已经布满了它的周围。如同“保姆”般呵呼它。我们会发现，植物的根、茎、叶、花、果实，整体的表面穿著有一件微生物的外衣。
于是，它们快速地成立了一个个“团队”(微生物学称之谓“群落”)，分工有序地开展工作。一些光合成微生物如光合成细菌作为初级生产者，直接摄取太阳能并将其转化为化学能，为茶树光和作用提供一种“媒介”。
乔木大叶种茶树与其它植物一样，不能直接利用大气中的分子氮。植物所需要的氮一般是通过生物固氮、高能固氮（如闪电和火山爆发时出现的固氮）或工业固氮（将分子氮转化为氨或硝酸盐）等过程才能为植物所利用。于是，另一支微生物固氮细菌接手，持续为茶树“转接”氮源。而且，也有一支微生物群落又将动物排泄物和动植物尸体分解而释放出氨，氨又先后由亚硝化细菌和硝化细菌转变为硝酸盐为茶树所利用。
更大的茶树“保卫战”，则发生在茶树土壤中根茎表面周围约5厘米的根界区，这里重重地围绕着高密度的微生物，可谓重兵把守。微生物学称这一类细菌为“根圈菌”。这些微生物的任务是，不仅将植物、动物的排泄物及尸体分解转化，还要由这些微生物分泌出各种有机物，包括氨基酸、低分子醣类、低分子核酸、生长激素及各种酵素等等，来支撑茶树对营养物的需求，对乔木大叶种茶树的生长有显著的效果。一块土壤内的优势微生物可能影响其他种类微生物的生存和繁育。不适于新环境的优势微生物死亡时，某些适生的新种便起而代之，此时就出现了类似地面上群落演替那样的变化。达到稳定状态时，我们在乔木大叶种茶树根部土壤剖面上可以观察到微生物的分层现象。
还有些微生物更为“激进”，干脆侵入根部组织内，在根细胞繁殖，这类微生物称之为“菌根菌”，它不但不破坏根部组织，却更能与根部细胞交换物质，共存共荣，促使根部活力，增强其吸收力，有利於植物健全的生长与自然抗病力的加强。
没有这些微生物的参与，乔木大叶种茶树就很难存活，更谈不上存活几百年，甚至上千年了。
3微生物生态的多样性是乔木大叶种茶天然营养源的加工厂
我们说云南乔木大叶种茶具有先天的独特性，除了特定的地理、气候与物种的多样性外，特有的微生物的参与也是其中一个因素，而且是一个很大的因素。
微生物生态的多样性及微生物的参与不仅帮它抵御外部各种病虫害的侵袭，并将各种营养源源不断输入其中，使它始终亮丽如新，健壮怡人。
微生物许多独特的代谢方式，如自养细菌的化能合成作用、厌氧生活、不释放氧的光合作用、生物固氮作用、对复杂有机物的生物转化能力、分解氰、酚、多氯联苯等有毒物质的能力，抵抗热、冷、酸、碱、高渗、高压、高辐射剂量等极端环境的能力，以及病毒的以非细胞形态生存的能力等。都为乔木大叶种茶提供的坚实的“物质基础”。以天然抗生素中为例，三分之二（超过4000种）是由微生物放线菌产生的。微生物所产酶的种类也是极其丰富的，从各种微生物中发现，仅II型限制性内切酶就有1443种。而且这些发现并没有终结，还在继续。